В ближайшем будущем Матоко Кусанаги по прозвищу Майор будет первой в своем роде. Когда-то она была спасена в опасной аварии и с помощью кибер-технологий превращена в идеального солдата, чтобы остановить самых опасных гениев криминального мира. Люди того времени начинают заменять кибернетическими аналогами всё, что только можно. Даже свой разум…Тогда терроризм достигает такого уровня, что хакеры проникают в разум людей и контролируют его. Только Майор может остановить это. Но однажды она понимает, что ей всё время врали – её жизнь не спасли, а украли. Майор хочет узнать все детали своего прошлого, чтобы наказать виновных и предотвратить подобное в будущем.