Идея создания Музея театральных кукол родилась в 1952 году, когда театр впервые получил полноценное стационарное помещение на ул. Красина, 3. Уже позже, опираясь на решение UNIMA (Международная организация деятелей театра кукол), рекомендовавшее организовывать по мере возможности музеи кукол по всему миру, 5 октября 1954 года был открыт именно Музей, который начинался, как небольшая выставка кукол из спектаклей нашего театра.

В 1968 году Харьковский театр кукол получил новое здание, в котором расположен и сегодня. Это помещение бывшего банка построено в 1907 году по проекту академика А. Бекетова (памятник архитектуры) и реконструировано Б. Клейном и Е. Любомиловой специально для театра кукол. В этом здании Музею сразу был отдан весь третий этаж: три больших экспозиционных зала.

23 августа 1968 года Музей начал свою работу. Всего за несколько лет, третий этаж здания превратился в богатейший уникальными экспонатами и раритетами музей театральных кукол. Расцвет экспозиции музея стал возможен благодаря организации советской секции UNIMA, в которой ведущие должности занимал Виктор Андреевич Афанасьев – художественный руководитель Харьковского театра кукол. Это открыло огромные возможности для общения с зарубежными актерами и режиссерами кукольниками. Музей стал обогащаться экспонатами из союзных республик, Польши, Болгарии, ГДР, США, Канады, Бельгии, Франции и других стран.

Сегодня фонд Музея насчитывает более 11 тысяч различных экспонатов, которые хранят историю искусства играющих кукол и людей, связанных с этим искусством: непосредственно кукол, афиш, макетов, сувениров, эскизов кукол, театральных программ и фотографий из множества стран мира.

В музее хранятся бесценные куклы первых советских кукольников Симонович-Ефимовых; есть здесь и работы Е. Беклешовой, чьи персонажи радовали зрителей многие годы; подарки С. Образцова и куклы из-за рубежа. Многие из иностранных кукол бесценны, так как являются подарками знаменитых кукловодов и режиссеров мира.

Достаточно назвать хотя бы плоскостные куклы из спектакля «Король Убю» знаменитого Мишеля Мешке, изменившего своим спектаклем устоявшиеся представления об эстетике театра кукол; или куклу мальчика Цэндэрикэ, которую подарила М. Никулеску – реформатор знаменитого румынского театра «Цэндэрикэ».

В 2002 году прошла глобальная смена всего экспозиционного оборудования. А с 2005 по 2008 включительно шли реэкспозиционные работы. Музей стал по современным меркам зрелищным, и приобрел широкую информационную насыщенность. Чтобы раскрыть тематические планы и помочь зрителям лучше познакомиться с отраженной в музее историей развития мирового театра кукол в целом, и харьковских кукольников в частности, был издан.